Le laboratoire français de Biologie Médicale, spécialisé dans la médecine génomique, SeqOIA utilise Vast Data comme base de sa plateforme de séquençage à haut débit, lui permettant d’évoluer de manière transparente avec de nouveaux pipelines. La plateforme de données full-flash Universal Storage de Vast permet au laboratoire d’accélérer et d’optimiser l’analyse des données de génétique pour le diagnostic médical.
Grâce au séquençage du génome entier, SeqOIA recherche différents types d’événements génétiques (mutations ponctuelles, insertion/délétion, fusions, variations du nombre de copies, etc.) chez les patients afin de mieux caractériser les pathologies et ainsi proposer un conseil génétique aux familles ou une nouvelle ligne de traitement.
Ainsi, depuis mars 2022, SeqOIA a accéléré quatre fois plus rapidement le temps d’analyse du génome. « En termes de gestion de notre production, cela a changé notre vie. Dans notre secteur, le temps perdu équivaut à des analyses retardées, et à des patients qui n’ont pas de retour », déclare Alban Lermine, directeur des systèmes d’information et de la bioinformatique de SeqOIA. De plus, après s’être associé à Vast, le laboratoire SeqOIA a supprimé les tentatives de lecture et d’écriture de données non résolues, réduisant ainsi les erreurs pour éviter les manques ou retards de résultats pour les patients.
« L’architecture flexible de Vast nous donne le choix de faire évoluer de manière transparente l’informatique et la capacité de stockage de manière totalement indépendante, ce qui est compliqué avec les autres solutions du marché », déclare Alban Lermine « À l’avenir, nous envisageons de déployer d’autres méthodes de traitement destinées à découvrir de nouveaux événements moléculaires responsables de maladies rares et de cancers. Au fur et à mesure de notre évolution, chaque nouveau pipeline nécessitera plus d’entrées/sorties, mais pas nécessairement plus de volume de stockage. C’est un avantage évident de l’utilisation de Vast : nous sommes en mesure de concevoir un système où il n’y a pas de « stockage gaspillé » dans notre infrastructure. »
En outre, SeqOIA peut désormais concrétiser sa vision d’une infrastructure de stockage full-flash, sans encourir de coûts exorbitants. Les techniques uniques de réduction des données basées sur la similitude de la plateforme de données Universal Storage de Vast permettent à SeqOIA de doubler le volume de données sans dépenser plus pour le stockage. Par exemple, le laboratoire utilise 16 téraoctets (To) d’index Elastic Search redondés pour la haute disponibilité, pour un coût de seulement 8 To d’Universal Storage.
La plateforme de données full-flash de Vast Data remplace la solution de stockage précédente de SeqOIA, basée sur des disques durs, qui atteignait des limites de performance sur tous les grands ensembles de données génétiques, entraînant une perte de temps et d’analyse. Le laboratoire était confronté à un problème de traitement de ses données de séquençage en raison de leur complexité et de leur volume en constante augmentation. À la recherche d’une solution capable de résoudre ce problème, SeqOIA s’est tourné vers Vast pour déployer une plateforme abordable et évolutive offrant la simplicité et les performances nécessaires à la prise en charge des données génomiques à toute échelle.
